Cucao se encuentra a unos 60 km de la ciudad de Castro, capital de Chiloé, y a unos 35 km de Chonchi, la capital comunal. El poblado está al oeste del Lago Cucao, emplazado en la bahía homónima y junto al río Desaguadero, muy cerca de la entrada del Parque Nacional Chiloé, siendo el punto de acceso para este último.